O Ensino Religioso com a Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional LDBEN 9. 394/96, além de ser "parte integrante da formação básica do cidadão", assume o caráter de inter-religiosidade, sendo o responsável para apresentar o Transcendente nas diferentes culturas e tradições religiosas, considerando a diversidade cultural religiosa existente no Brasil. Para que o Ensino Religioso esteja na escola cumprindo com sua função educativa e social, procurando contribuir na formação básica dos educandos e do profissional do Ensino Religioso, é que o Colégio Franciscano Sant'Anna está em estudo e aprofundamento do Ensino Religioso como área de conhecimento. Busca também solidificar a sua identidade própria, franciscana, dentro dessa visão plural deste componente curricular.

Anualmente é feito o cronograma de reuniões de estudo/seminário com os professores de Ensino Religioso da escola e de Educação Infantil e de 1ª a 3ª série do Ensino fundamental. Isso exige um espaço oportunizado pela escola, uma sistematização e seqüências temáticas, seriedade e comprometimento nas informações e construção do conhecimento religioso. As reuniões são mensais no período de 4 horas.

Proporciona à comunidade educativa um espaço de descoberta da vida como dom supremo de Deus, favorecendo um serviço às pessoas e participando na transformação de um mundo mais justo e solidário.